O protocolo de cooperação com o Mosteiro de São Vicente de Fora, através da sua tutela, o Patriarcado de Lisboa, assinado em 30 de Março de 2020, tem como principais objetivos a cooperação em iniciativas e projectos comuns, relacionados com a investigação em História da Arte e, em particular, com a investigação sobre azulejo; a realização conjunta de iniciativas de divulgação científica e cultural como conferências, colóquios, visitas, edições de livros ou mesmo exposições, que sejam do interesse de ambas as partes; e a colaboração e apoio mútuo na divulgação e acções de preservação do património azulejar.

Todas as acções a desenvolver no âmbito deste protocolo de cooperação serão objecto de convénios específicos, os quais definirão o regime a que os mesmos devem obedecer. Um primeiro convénio específico celebrado neste âmbito incidiu sobre o inventário dos claustros inferiores, a propósito de um trabalho de projecto de mestrado.