Pela sua relevância enquanto “instituição de referência nacional e internacional, seja pela especificidade das suas colecções e dos seus espaços musealizados, seja pela excelência dos conhecimentos que lhe compete produzir e apoiar” nas áreas da “inventariação, documentação, investigação, classificação, divulgação, conservação e restauro de cerâmica e, muito em especial, do azulejo”, o Museu Nacional do Azulejo é, naturalmente, um dos parceiros mais importantes do Az.  

Os projectos  Az Infinitum – Sistema de referência e Indexação de Azulejo e Catalogação de padrões da azulejaria portuguesa são desenvolvidos em colaboração com o Museu Nacional do Azulejo. Esta parceria integra ainda a organização dos seminários mensais AzLab, assim como outras acções de cariz mais esporádico. 

A relação de trabalho próximo entre as duas instituições encontra-se expressa num protocolo de cooperação assinado a 25 de Setembro de 2009, entre a Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa (FLUL) e o então Instituto dos Museus e da Conservação (IMC), actual Direção-Geral do Património Cultural. O documento visava definir e regular a cooperação entre a FLUL e o IMC, através da Rede Temática em Estudos de Azulejaria e Cerâmica João Miguel dos Santos Simões (RTEACJMSS), actual Az – Rede de Investigação em Azulejo, e do Museu Nacional do Azulejo.

Para além dos objectivos específicos relacionados com actividades e projectos já em desenvolvimento, este protocolo previa ainda a elaboração de novas parcerias, nos termos a acordar (alínea 2 da cláusula primeira), mas sempre tendo como objectivos gerais o desenvolvimento da investigação integrada das fontes escritas e artísticas relacionadas com a azulejaria portuguesa, assim como a promoção do inventário, estudo e divulgação da azulejaria portuguesa (alíneas a) e b) da cláusula segunda). 
  
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